Animacja to jeden z najważniejszych elementów Mugena. Zapomnij tu o czymś takim jak GIF. W Mugenie animacja to kodowy zapis wyświetlania konkretnej grafiki przez konkretny czas, tak jak z pokazem slajdów, z tym że te slajdy to grafika z pliku SFF.

W pliku AIR znajdują się wszystkie animacje z których korzysta postać. Jednak nie zawsze animacje wymagają pliku AIR, w wypadku aren lub elementów motywu znajdują się one w pliku DEF.

Animacja składa się z poszczególnych klatek, w Mugenie są to sprity umieszczone w pliku SFF. Więc programy, którymi stworzysz pliki SFF najczęściej dają możliwość tworzenia też plików AIR.

Czas w Mugenie opiera się na wyświetlaniu klatek w ciągu sekundy na monitorze czyli FPS. Nie wnikając w szczegóły, standardem dla monitorów jest 60 fps. stąd 60 to 1 sekunda dla całego Mugena. Oczywiście tę wielkość można zmienić w pliku konfiguracyjnym, przykładowo jest to opisane w tekście o konfiguracji w grupie [Config] Modyfikowanie Mugena » Konfiguracja Mugena.

Nie da się dokładnie przenieść możliwości naszego wzroku na standard fps, bo zależy to od różnych czynników. Jednak wyliczając średnią, opierając się na różnych źródłach można powiedzieć, że ludzki wzrok wychwytuje 20-30 fps. Oznacza to, że w Mugenie nasze oko wychwyci zmianę klatek o czasie wyświetlania3 z pewnością oko wychwyci zmiany klatek i ich wygląd, da to złudzenie płynności. Oczywiście zależy to też od różnic między poszczególnymi klatkami, bo jeżeli będą niewielkie to mózg odpuści sobie szczegóły.