W głównym menu standardowego Mugena masz do wyboru konkretne opcje. Pamiętaj, że nazwy i ilość opcji mogą się różnić w zależności od motywu jakiego używasz lub edycji Mugena.

Arcade - tryb standardowy, w którym gracz po kolei stacza walki z komputerowymi przeciwnikami. Na ich ilość można wpłynąć w pliku select.def w folderze data ale o tym przeczytasz w artykule: Dodawanie postaci.

Versus - jest to tryb walki 1 na 1, czyli dwóch graczy walczy przeciwko sobie, Nie przechodzisz w tym trybie Mugena, możesz jedynie się sprawdzić z innym graczem lub komputerem.

Team Arcade - tryb walki drużynowej przeciwko komputerowi, w tym trybie przechodzisz Mugena.

Team Versus - tryb taki sam jak zwykły "Versus" ale z możliwością budowy drużyny.

Team Co-op - tryb walki z innym graczem przeciwko komputerowi.

Survival - tryb w którym walczysz do upadłego. Po wygraniu walki energia nie regeneruje się w pełni, a ilość obrażeń przez Ciebie zadawanych zależy od liczby postaci w drużynie.

Survival Co-op - tryb "Survival" z partnerem przeciwko komputerowi.

Training - tryb treningowy. Wybrany przeciwnik zachowuje się jak zwykły manekin.

Watch - walka pokazowa sterowana przez komputer.

Options - podstawowe opcje w grze.

Exit - wyjście do systemu operacyjnego.