Klawisze są opisane w formie: Klawisz : Funkcja.

F1 : Życie przeciwnika (player2) wynosi zero.
Ctrl + F1 : Życie gracza (player1) wynosi zero.
F2 - Wszystkim graczom zostaje 1 pkt. życia.
Ctrl + F2 : Graczowi zostaje 1 pkt życia.
Shift + F2 : Przeciwnikowi zostaje 1 pkt życia.
F3 : Ładuje do pełna paski energii.
Ctrl + Shift + F3 : Ciągle pełne paski energii. [Mugen 1.1]
F4 : Powtórzenie aktualnej rundy (restart rundy).
Shift + F4 - Restart do 1 rundy, ponownie wczytywane są dane o planszy i postaciach.
F5 : Koniec czasu (Time Over).
F12 : Screenshot, zapisuje zrzut ekranu w formacie .pcx lub .png do folderu z mugenem.
Ctrl + C : Wyświetla tzw. obszary kolizyjne, dane postaci, oraz atrybuty NotHitBy (kolejne użycie przełącza postać).
Ctrl + D : Przełącza Mugena w tryb Debug, kolejne użycie przełącza dane między postaciami P1, P2, P3, P4 i dodatkowymi obiektami jak Helpery.
Ctrl + I : Wymusza chwilowe zatrzymanie wszystkich postaci w postawie stojącej.
Ctrl + L : Wyłącza/Włącza wyświetlanie pasków życia i energii (lifebars).
Ctrl + S : Włącza/Wyłącza przyśpieszenie.
Ctrl + V : Włącza/Wyłącza V-sync (stops "shearing").
Ctrl + # : (zamiast # wciskamy od 1 do 4) Włącza/Wyłącza kontrolę postaci przez komputer lub gracza.
Ctrl + Alt + # : (zamiast # wciskamy od 1 do 4) Wyłącza/Włącza postacie (wyświetlanie postaci).
Spacja : Przywraca postaciom pełne życie i energię.