Opcje

-h lub -? : Wyświetla pomoc i listę wszystkich dostępnych komend.
-log : Zapisauje dane z gry do podanej nazwy pliku tekstowego  np. "-log zapiswalk.txt".
-r : Mugen zostanie uruchomiony z wybranym motywem, musisz pokierować silnik prosto do pliku system.def lub folderu z nim np. "-r kfm/system.def". Więcej informacji w artykule: Modyfikacje wyglądu - Motyw i ScreenPack.
-configplugins : Konfiguracja pluginów dźwiękowych [tylko Win Mugen].

Opcje szybkiej walki

-p : Wybiera postać od 1 do 4 która zmierzy się w szybkiej walce z inną postacią np. "-p1 kfm", jednak można nazwy postaci podawać też bez komendy "-p".
-p.ai : Włącza sztuczną inteligencję dla konkretnej postaci np. "-p2.ai 1".
-p.color : Wybiera numer palety kolorów dla postaci, zapis tak samo jak wyżej.
-p.life : Postać od 1 do 4 zaczyna grę z wybraną ilościa życia np. "-p1.life 100".
-p.power : Postać od 1 do 4 zaczyna grę z wybraną ilością energii np. "-p2.power 3000".
-rounds : Ilość rund po której Mugen zostaje wyłączony np. "-rounds 3".
-s : Uruchamia Mugena z wybraną przez nas areną, jednak nie podawaj zakończenia ".def".

Opcje dodatkowe

-nojoy : Wyłącza obsługę Joysticka.
-nomusic : Wyłącza muzykę.
-nosound : Wyłącza wszystkie dźwięki i muzykę w grze.

Opcje specjalne

-storyboard : Uruchamia podany scenorys, należy podać ścieżkę do jego pliku DEF, np. "mugen.exe -storyboard data/kfm/intro.def ", można pominąć folder "data".