Mugena wybiera się pod kątem używanego systemu operacyjnego. Najnowszą wersję silnika "Mugen 1.0" lub wyższą znajdziesz na stronie Elecbyte Elecbyte, starsze wersje silnika to Win Mugen wersja: 2003.06.14, która oferuje te same opcje, co wersja Linuksowa. Niektórzy uważają, że starszy DOS Mugen jest bardziej stabilny jednak większość postaci pisana jest pod kątem najnowszego Mugena. Jest też Win Mugen Plus który jest zmodyfikowaną wersją Win Mugena z 2003 roku ale z udoskonaloną obsługą wyzszej rozdzielczości czyli tzw. Hi-res. Twórcy Mugena pozostawiali w silniku różne zablokowane lub nie działające rzeczy, jednak ludzie hackujący silnik część z nich aktywowali, stąd różne odmiany Win Mugena z których najlepszy jest Win Mugen Plus. Od wersji Mugen 1.0 wszystkie elementy Mugena mogą być jednocześnie używane będąc w różnych rozdzielczościach.

Wiecej znajdziesz w artykule Co to jest M.U.G.E.N ?.