Mugen zachowuje kompatybilność wsteczną z Win Mugenem (2002.04.14), pojawiły się jednak dodatkowe funkcje, które są dostępne dopiero po aktualizacji do Mugena 1.0.

Niżej w skrócie opisane są zmiany które zaszły w Mugenie 1.x w porównaniu do Win Mugena.