Mugen obsługuje kilka rodzajów plików, spora ilość z nich, mimo różnych rozszerzeń to pliki tekstowe. Więc można podzielić pliki na dwie grupy: pliki tekstowe i inne. Jak pewnie wiesz z własnego doświadczenia, bardzo często rozszerzenie pliku nie ma większego znaczenia. Jeżeli tylko można programowi wskazać jakiego pliku ma użyć to jeżeli oczekuje pliku tekstowego i podajemy mu plik tekstowy to zostanie on potraktowany jak tekstowy bez względu na rozszerzenie. Rozszerzenia często mają za zadanie nakierować użytkownika na to do czego służy dany plik.

EXE - Plik wykonywalny, standardowo w Mugenie znajdziesz przynajmniej jeden taki plik służący do odpalenia silnika w głównym folderze.

DLL - Plik biblioteki, z reguły wymagany przez EXE, w innym wypadku mogą to być pliki pluginów np. z Winampa, dodawanych w odpowiednim folderze.

SFF - Plik z grafiką wykorzystywaną przez Mugena (spritami). Postacie, areny i cały wygląd Mugena są oparte na tych plikach. Ten plik zawiera "suchą" grafikę bez efektów i udziwnień, tak samo nie zawiera w sobie animacji tylko wszystkie klatki osobno. Więcej o nim w artykule: Grafika i paleta kolorów.

SND - Plik z dźwiękami wykorzystywany analogicznie jak SFF, więcej o nim w artykule: Dźwięki i muzyka.

FNT - Plik czcionki, zawiera charakterystykę czcionki wraz z jej grafiką, więcej o nim w artykule: Czcionki.

ACT - Plik palety kolorów, wykorzystywany w postaci może zmienić paletę kolorów używaną przez plik SFF, może to dać efekt zmiany stroju, np. przy innej palecie zielony ubiór może zmienić kolor na czerwony, itd. Więcej o nim w artykule: Grafika i paleta kolorów.

CFG, DEF, CNS, CMD, ST, TXT i inne - Pliki tekstowe, wszystkie można otworzyć najprostszym edytorem tekstowym. Więcej o nich w kolejnych artykułach.

AIR - Plik tekstowy, zawiera zapis sekwencji animacji. Jest to specyficzny plik tekstowy bo tworzenie go ręcznie jest bardzo trudne i wykorzystuje się do tego odpowiednie programy, z reguły służą do tego programy od plików SFF. Więcej o nim w artykule: Animacje i efekty animacji oraz Plik AIR - plik z animacjami.

MP3, WAV, MID i inne - Pliki muzyki, Mugen może odtworzyć plik dźwiękowy w zależności od użytego pluginu.